Der zwölfjährige Nano wird Zeuge einer finsteren Tat: Der fiese Professor Schlotter injiziert seinem Opa den Gobot, einen winzigen Roboter, um damit sein Opfer fernsteuern zu können. Nano will Hilfe bei Dr. X holen, dem Hausarzt seiner Familie. Doch auch in der Praxis von Dr. X gehen unglaubliche Dinge vor:

Gemeinsam mit Micro Minitec, einer genialen Wissenschaftlerin, hat der Arzt ein Mikrotisierungsverfahren entwickelt, mit dem er ein U-Boot schrumpft und es auf medizinische Entdeckungsreise durch den menschlichen Körper schickt.

Zusammen mit seiner Freundin Lilly lässt Nano sich verkleinern und begibt sich auf die riskante Reise in den Körper seines Opas, um den Gobot zu besiegen. Doch Professor Schlotter und sein Gehilfe Serge geben so schnell nicht auf. Sie stürmen Dr. X’ Praxis und bringen die Wissenschaftler in ihre Gewalt.

Nun sind Nano und Lilly im Inneren des Körpers von Nanos Opa auf sich allein gestellt. Dort müssen sie nicht nur gegen den Gobot antreten, sondern auch gefährliche Killerzellen, die ätzende Magensäure und das verwirrende Labyrinth des Gehirns überstehen. Und die Zeit drängt, denn der Sauerstoff im U-Boot ist begrenzt.

Nur gut, dass es das sprechende rosa Versuchskaninchen Rappel gibt, das noch eine Rechnung mit Professor Schlotter offen hat…